В действующей армии находился с 23 июня 1941 года, воевал рядовым на Калининском фронте. Под Ржевом попал в окружение, но удалось прорваться к своим. В августе 1942 года был тяжело ранен. После госпиталя направлен в блокированный Ленинград через Ладогу. Участник прорыва блокады, затем участник боёв под Красным Бором, Псковом, Тарту, Ригой, Вильнюсом. Вторично был тяжело ранен и находился в госпитале до июня 1945 года. Демобилизован по инвалидности.
Награждён медалями «За оборону Ленинграда», «За победу над Германией» и юбилейными медалями.
В университете работал столяром экспериментальных мастерских НИИММа.
Архивные списки ветеранов ВОВ Павилайнена В.Я.