В армии с ноября 1943 г., когда ему едва исполнилось 17 лет. Воевать довелось на Ленинградском и Прибалтийских фронтах — следовательно, участвовать в прорыве блокады родного города и освобождать Прибалтийские республики, теперь ставшие суверенными и далеко не дружественными к нам. Там в большем почете оказались те, кто воевал против нас; унижениям, даже преследованиям подвергаются ветераны и все проживающие на их территориях русские, не только защищавшие их от фашизма, но и поднимавшие, восстанавливавшие их промышленность, все хозяйство.
Высшей солдатской наградой Славы и медалями «За отвагу», «За оборону Ленинграда» и «За победу над Германией» были оценены фронтовые заслуги А. М. Петрунькина.
В 1946 г. он стал студентом физического факультета университета, сочетал учебу с работой в медицинском санитарном батальоне военно-морского флота. С 1951 г. — лаборант физического факультета, а после защиты кандидатской диссертации — преподаватель. В 1962 г. начал работу в ректорате. Выполнял обязанности помощника проректора по научной работе, затем — его заместителя. Одновременно сам вел активную научную работу по физико-математической специальности.
Бережной А.Ф. Они сражались за Родину: Универсанты в годы войны и в послевоенные годы. Вып. 4. СПб.: Изд-во С.-Петербургского университета, 2003. С. 89-90.