Родился А. М. Черников в 1907 году в Орле. В 1926 году поступил на историческое отделение факультета языкознания и материальной культуры ЛГУ. В 1930 году он окончил факультет ЛГУ, который уже тогда назывался историко-лингвистическим. Сразу же занял должность научного сотрудника, а затем ученого секретаря Архива Академии наук СССР. Принимал непосредственное участие в его пополнении.
Прошел всю Великую Отечественную войну, имел боевые награды. В звании майора осенью 1945 года был демобилизован.
В 1949 году окончил экстерном еще и юридический факультет ЛГУ. Впоследствии опять работал в системе Академии наук. В 1962 году защитил кандидатскую диссертацию. Им было опубликовано более 150 работ исторического характера.
Александр Митрофанович Черников в последние годы активно сотрудничал с университетской прессой. Его воспоминания были помещены в журнале «Санкт-Петербургский университет» в августе 2000 г. (№19 от 31.08.2000 г.). Его мемуары включены в сборник «Филфак в воспоминаниях».
Памяти А. М. Черникова//Санкт-Петербургский университет №20, 2002 г.