Родился 28 января 1913 года в семье управляющего банком.
Александр Яковлевич после окончания школы работал токарем на Ленинградском сталепрокатном заводе. В 1932 поступил на исторический факультет ЛИФЛИ, который в 1936 влился в Ленинградский государственный университет. В 1937-1940 — в аспирантуре ЛГУ. Научным руководителем его был Е. В. Тарле, и первые работы были посвящены истории Франции. В 1940 защитил кандидатскую диссертацию: «Французский империализм в борьбе против Советской России (1917-1919)». Был направлен на работу в Петрозаводский государственный университет.
С началом войны А. Я. Манусевич ушёл добровольцем в Красную Армию, был направлен на учёбу на курсы военных юристов. Будучи курсантом, участвовал в обороне Москвы. С 1942 — преподаватель Военно-юридической академии, с 1944 — научный сотрудник Института истории АН СССР.
С 1950-х годов основной темой исследований Манусевича стала история Польши. Он стал сотрудником Института славяноведения и балканистики, принимал участие в написании «Истории Польши». В 1965 за монографию «Польские интернационалисты в борьбе за победу Советской власти в России» присуждена степень доктора исторических наук.
Одновременно работал в исторической редакции Большой советской энциклопедии, был заместителем главного редактора ежегодника БСЭ.
Удостоен звания Заслуженный деятель науки РСФСР.