В 1922 г. по переводу из Самарского государственного университета он стал студентом факультета общественных наук в университете Пет­рограда и уже в следующем году был оставлен для работы на кафедре русского искусства, а в 1925 г. начал занятия в аспи­рантуре. Кандидатскую диссертацию по теме «Из истории куль­турно-художественных взаимоотношений Пскова и Москвы» М. К. Каргер защитил в 1927 г., но кандидатом исторических наук стал значительно позже — в 1936 г., когда были введены ученые степени. К 1938 г. М. К. Каргер уже поработал не только старшим научным сотрудником, но и заведующим ка­федрой в Ленинградском университете (1930—1934 гг.), сумел поработать в Русском музее, стать руководителем кафедры в Академии художеств в Ленинграде.
Начавшаяся война вызвала совершенно однозначную реак­цию ученого-коммуниста (в партию он вступил в апреле 1941 г. — накануне войны): он ушел добровольцем на защиту Родины. Вначале его определили инструктором политического отдела армии, а в 1942—1943 гг. он — военный комиссар в 8-й Армии. Ее подразделения были расположены на таких ответ­ственных рубежах, как Ораниенбаумский пятачок и Невская Дубровка. Один из его коллег — доцент П. Борисковский, встре­чавшийся с профессором М. К. Каргером — военным комиссаром, писал: «М. К. Каргер пользовался большим уважением бойцов как храбрый и стойкий офицер, с честью выполняющий долг перед Родиной» (Ленинградский университет. 1952. 17 апреля).
Демобилизовавшись в 1943 г., он возвратился в Академию художеств, где возглавил кафедру и одновременно стал замес­тителем директора. С 1949 г. М. К. Каргер — заведующий ка­федрой истории искусств на историческом факультете Ленин­градского университета. Как искусствовед и археолог, хорошо знающий музейное дело, владеющий кроме русского англий­ским, французским, немецким и польским языками, обладаю­щий большим преподавательским, научным и жизненным опы­том, он ведет интенсивную работу по многим направлениям и добивается крупных результатов. В соавторстве М. К. Каргер создает фундаментальный труд в двух томах «История куль­туры Древней Руси», который был удостоен Сталинской премии (1952 г). Проделав значительную работу по организации и ре­дактированию двухтомника, он опубликовал в нем статьи по древнерусской архитектуре и живописи. Характеризуя одну из его статей, рецензент писал: «Проф. М. К. Каргер убедительно показал, что древнерусская живопись представляла собой большое и самостоятельное искусство, не только не уступающее по высоте своих достижений западноевропейской и византий­ской живописи того времени, но во многих отношениях их пре­восходившее». Однако научные интересы М. К. Каргера не ограничивались изучением лишь истории архитектуры и живо­писи Древней Руси, его привлекали проблемы ее культуры в целом. Этим проблемам посвящены многочисленные публи­кации. М. К. Каргер — автор нескольких монографий и более 60 статей, руководитель многих дипломантов и аспирантов. В характеристике, подписанной руководством университета в 1959 г., отмечалось: «М. К. Каргер является крупным совет­ским ученым, видным исследователем по истории материальной культуры и искусства Древней Руси». В 1960 г. он был утвер­жден в звании доктора исторических наук.
Деятельность М. К. Каргера в годы войны и мира отмече­на орденом Ленина, несколькими медалями, среди которых ме­даль «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941—1945 гг.», грамотой «За педагогическое мастерство и под­готовку научных кадров».

Бережной А.Ф. Они сражались за Родину: Универсанты в годы войны и в послевоенные годы. Вып. 2. СПб.: Издательство С.-Петербургского университета, 1995. С. 70-71.