В ряды Красной Армии он был призван в 1939 г., но свое участие в Великой Отечественной войне начал курсантом военно-морского медицинского училища на Ленинградском фронте. В 1943 г. лейтенант медицинской службы Б. С. Хавезон выполнял обязанности начальника медицинской службы минных заградителей на Северном флоте, а в следующем году в звании старшего лейтенанта нес медицинскую службу в береговой бригаде Краснознаменного Балтийского флота. Участвовал в Выборгской операции и в боях за Ленинград. В конце войны — уже подполковник медицинской службы, награжденный двумя орденами Красной Звезды, медалями «За боевые заслуги», «За оборону Ленинграда» и др.
В 1981 г. Б. С. Хавезон пришел в университет на должность врача-инфекциониста.
Бережной А.Ф. Они сражались за Родину: Универсанты в годы войны и в послевоенные годы. Вып. 4. СПб.: Изд-во С.-Петербургского университета, 2003. С. 122.