Алексей Михайлович родился в 1912 году в деревне Алексино Тверской губернии в крестьянской семье и рано начал трудовую жизнь. После окончания школы несколько лет работал учителем в детском доме. В 1933 году Алексей Михайлович поступил в Ленин-градский университет на физический факультет и, с отличием окончив его в 1938 году, был зачислен аспирантом к академику Д. С. Рождественскому на кафедру оптики. Отечественная война прервала его научную деятельность. 25 июня 1941 года аспирант Алексей Шухтин добровольцем вступил в Народное ополчение и ушел на фронт.
Позднее был отозван из ополчения и направлен в формируемую армейскую часть в соответствии с военной специальностью. Алексей Михайлович прошел долгий и трудный боевой путь, до последних дней войны находясь в частях Действующей армии. Боевое крещение принял в жестоких боях под Ленинградом на Пулковских высотах, воевал на Ораниенбаумском пятачке. 20 августа 1942 года он был ранен в боях за освобождение поселка Ям-Ижора (в газетах он именовался „пункт Я”) в районе Колпина. Боевой офицер Шухтин, прошедший за годы войны путь от командира артиллерийского взвода до начальника штаба полка, участвовал в подготовке и прорыве блокады Ленинграда, в освобождении Псковской области и Эстонии, а День Победы встретил под Ригой.
10 мая 1945 года в составе части Алексей Михайлович отправился на Дальний Восток. С 9 августа 1945 года корпус, в котором служил А. М. Шухтин, вступил в боевые действия против Японской квантунской армии на территории Манчжурии. Закончил войну Алексей Михайлович в Пхеньяне (Северная Корея) в звании капитана на должности начальника штаба полка зенитной дивизии. За боевые заслуги награжден орденами Красной Звезды, Отечественной Войны II степени и медалями «За оборону Ленинграда», «За победу над Германией» и «За победу над Японией.
В октябре 1946 года по возвращении в Ленинград Алексей Михайлович был уволен в запас.
В ноябре того же года его зачислили старшим лаборантом кафедры оптики физического факультета ЛГУ. На физическом факультете и в физическом институте он работал старшим лаборантом, ассистентом, доцентом, старшим научным сотрудником, научным руководителем лаборатории. С 1962 по 1968 г. был деканом физического факультета.
В 1952 году А. М. Шухтин защитил кандидатскую, а в конце 1961 года — докторскую диссертации. В 1962 году ему было присвоено звание профессора. С 1963 года за достижения в научной работе Алексей Михайлович совместно с аспирантом В. С. Егоровым был удостоен второй университетской премии, а в 1971 году совместно с профессором Н. П. Пенкиным получил академическую премию им. Д. С. Рождественского.
В 1967 году Алексей Михайлович Шухтин был награжден орденом Ленина.
За время работы на факультете и в НИИФ А. М. Шухтин нес большую общественную нагрузку: был членом профбюро факультета, членом местного комитета Университета, членом группы народного контроля ЛГУ. До последних своих дней А. М. Шухтин был активным членом бюро Совета ветеранов ЛГУ и председателем секции совета ветеранов войны физического факультета и НИИФ.
Барабанов В. Ф. Они сражались за Родину: Универсанты в годы войны и послевоенные годы. СПб.: Издательство С.-Петербургского университета, 1992. С. 129-130.
Материал «Алексей Михайлович Шухтин: к 100-летию со дня рождения», опубликованный в журнале "Санкт-Петербургский университет" №5 (3847) 16 АПРЕЛЯ 2012 г.