Доктор философских наук, профессор, специалист в области истории философии, философии религии, религиоведения, культурологии, истории свободомыслия.
Родился в Санкт-Петербурге. В 1929 - 1932 годах учился на историко-филологическом отделении Ленинградского университета. В 1933-1936 годах – в аспирантуре в Академии наук СССР занимался фольклористикой. В этот же период М.И. Шахнович был ответственным секретарем журналов «Советская этнография» и «Советский фольклор». В 1936 году он написал диссертацию «Русские пословицы и поговорки как исторический источник», за которую в 1937 г. решением ВАК получил сразу две степени — кандидата исторических и кандидата филологических наук.
В 1941 году М.И. Шахнович добровольцем пошел на фронт, служил на Ленинградском и Волховском фронтах, был награжден орденом Красной Звезды, а также медалями.
В 1946 - 1949 и 1953 - 1960 годах совмещает работу в музее с преподавательской деятельностью на философском факультете ЛГУ. Старший преподаватель (1960), доцент (1962), профессор философского факультета ЛГУ (1965 - 1991). 
Более 40 лет, начиная с 1946 года, читал курс «Всеобщая история религии и атеизма» на философском факультете ЛГУ. Создатель и многолетний руководитель специализации «История религии и атеизма»; подготовил более 120 кандидатов и докторов наук.
В 1953 году за восстановление Музея истории религии АН СССР и Казанского собора после Великой Отечественной войны был вручен орден «Знак Почёта».
Автор более 250 научных трудов по различным областям гуманитарного знания.