Воевала на Северном фронте, воинское звание – гвардии старший сержант. Награждена орденом Красной Звезды, медалями «За оборону Северного Заполярья», «За победу над Германией».
В рядах Красной Армии она, выпускница медицинского техникума, с первых дней войны. Была направлена на север — в Мурманск. Естественно (ведь выпускница медицинского техникума... квалифицированный работник, а они так нужны были фронту) сразу оказалась в медико-санитарном батальоне стрелковой дивизии. И без того суровые условия севера осложнялись жизнью в холодных, сырых и темных землянках. В них приходилось не только жить, но и врачевать доставляемых сюда раненых и обмороженных. Землянок не хватало, раненых иногда приходилось размещать в палатках. «Бои были сильные, раненых оказывалось много, и после операций, — вспоминает Е. А. Афанасьева, — тяжело раненных тоже приходилось держать в таких палатках... Освещались они от движка, отапливались “буржуйками”. Из-за плохих дорог нужная раненым кровь подчас поступала с задержкой. Тогда донорами становились сами врачи и сестры».
Нередко, рассказывает она, приходилось работать без смены по двое суток. Раненых после оказания первой помощи, а также подлечившихся машинами отправляли в эвакогоспитали. Зимой машины заменяли оленьими упряжками, которые выделяли местные оленеводы. Работа госпиталя затруднялась еще и из-за налетов вражеской авиации. Несмотря на хорошо видимые красные кресты, фашисты сбрасывали на госпиталь свои бомбы. Полностью же замаскировать землянки и палатки в почти безлесных местах было невозможно. После вражеских налетов рядом с ранеными, доставляемыми с места боев, нередко оказывались врачи и сестры из числа обслуживающих их.
В составе своей стрелковой дивизии, которая к тому времени стала гвардейской, Е. А. Афанасьева приняла участие в освобождении Норвегии и Польши, в разгроме Германии. Орденом Красной Звезды, медалями «За боевые заслуги», «За оборону Советского Заполярья» и «За победу над Германией» и другими отмечены ее заслуги перед Отечеством.
В 1947 г. Е. А. Афанасьева уже опытным врачом (тяжелый, но огромный и незаменимый фронтовой опыт) пришла в университетскую поликлинику, и многие годы оказывала медицинскую помощь сотрудникам университета и членам их семей. Благодарностями районного отдела здравоохранения и руководства поликлиники, а особенно больных была отмечена ее работа на этом посту.
Бережной А.Ф. Они сражались за Родину: Универсанты в годы войны и в послевоенные годы. Вып. 4. СПб.: Изд-во С.-Петербургского университета, 2003. С. 11-12.