Главной областью своих послевоенных исследований и темой монографии он из­брал идеологическую работу КПСС в советском Военно-Мор­ском Флоте в годы Отечественной войны. И это было не слу­чайно — вся его служба и биография военных лет были свя­заны именно с этим родом войск и с политической работой на флоте. В выборе темы и содержании его работы отразились и личный опыт, и накопленные в прошлом материалы.
В 1938 г., проучившись некоторое время в Воронежском авиационном техникуме, который пришлось оставить по семей­ным обстоятельствам, и потом еще поработав, он оказался по призыву в береговых частях Тихоокеанского флота. Флот же этот, только в начале 30-х годов начавший по-настоящему со­здаваться (лишь в 1933 г. здесь появилась первая советская подводная лодка, погружение которой всего на несколько ме­тров было встречено громким «ура!» присутствующих при сем знаменательном и торжественном акте), к 1938 г. уже достиг определенного развития. Но проблема подготовки командир­ских и политических кадров для него, разрешавшаяся на пер­вых порах за счет переброски сюда таких кадров из других флотов, и прежде всего Балтийского, оставалась по-прежнему острой. П. С. Подкопаев — к тому времени уже переведенный из кандидатов в члены партии, в 1940 г. был направлен на военно-политические курсы. В следующем году в звании млад­шего политрука получил назначение в дивизион подводных лодок Тихоокеанского флота, на должность инструктора.
Первые годы Великой Отечественной войны здесь не было боевых сражений, но состояние боевой готовности поддержи­валось все время, так как замыслы агрессивной Японии бы­ли неизвестны, а ее нападение на Пирл-Харбор не исключало повторения подобного и в отношении Советского Союза. По­этому боеготовность выражалась не только в усилении бди­тельности, постоянном дежурстве «по тревоге», а и в строи­тельстве оборонительных береговых укреплений. Вместе с тем П. С. Подкопаев изучал механизмы и вооружение подводных лодок, при необходимости помогал командирам.
Во время боевых действий против Японии в августе — сен­тябре 1945 г. П. С. Подкопаев участвовал в составе частей и боевых кораблей при освобождении Южного Сахалина и Ку­рильских островов. Его участие в боевых операциях отмечено орденами Красной Звезды и Отечественной войны, медалями.
В послевоенные годы и до прихода в 1972 г. в Ленинград­ский университет П. С. Подкопаев некоторое время еще оста­вался заместителем командира дивизиона подводных лодок по политической части, сумел в 1948 г. экстерном закончить Во­енно-политическое училище, а в следующем году заочно — Владивостокский учительский институт, в 1950 г. поступил, а в 1954 г. закончил высший Военно-педагогический институт име­ни М. И. Калинина, после которого служил на Балтфлоте, в Таллинне и Риге. В 1966—1972 гг. он стал старшим препода­вателем в высшем Военно-Морском Ленинградском училище имени М. В. Фрунзе, где в 1969 г. защитил диссертацию на со­искание степени кандидата наук.
Более 13 лет П. С. Подкопаев проработал в должности до­цента на кафедре истории КПСС исторического факультета. Им было опубликовано около 30 научных работ, в том числе и монография, о которой было сказано. Он активно участво­вал в общественной жизни кафедры и факультета, в военно-патриотическом воспитании молодежи.

Бережной А.Ф. Они сражались за Родину: Универсанты в годы войны и в послевоенные годы. Вып. 3. СПб.: Издательство С.-Петербургского университета, 1997. С. 94-95.