Двадцать пять лет им было отдано армии. Призванный в 1939 г., в Великой Отечественной войне он стал участвовать с июля 1941 г. рядовым противо­танковой истребительной бригады на Ленинградском фронте.
Крутой перелом в военной судьбе Е. С. Иванова произошел в октябре 1941 г., когда он стал слушателем Военно-морской медицинской академии.

С 1943 г. в качестве врача дивизиона канонерских лодок Онежской Военно-морской флотилии он принимает непосредственное участие в боях с финско-немецкой армией вплоть до разгрома ее под Ленинградом. Участвуя в боях по освобождению истоков р.Свирь и г.Вознесенска, имея большое количество раненых, сам проводил сложные хирургические операции непосредственно в бою будучи на кораблях флотилии.

В боях по освобождению столицы Карелло-финской ССР гор. Петрозаводска, тов. Иванов будучи флагманским врачем высадки десанта руководил всей медицинской службой морских сил участвовавших в этой операции. Непосредственно оказывая медицинскую помощь в бою, проявил большое мужество и отвагу, имея около 300 человек раненых моряков и красноармейцев. В ходе боя сумел организовать врачебную помощь под обстрелом врага, сам проводил операции и эвакуацию морем в лечебные учреждения расположенные за 150 км. от места боя. Потери во время операции были исключительно малыми, за что был награжден орденом "ОТЛИЧНИК ВМФ".

С августа 1944 г. и до конца войны он — врач дивизиона эскадренных миноносцев на Краснознаменном Балтийском фло­те. Принимал участие в обороне Ленинграда, освобождении Петрозаводска и других населенных пунктов и городов. Был дважды контужен.
Демобилизовался в 1964 г. в звании полковника медицин­ской службы, имея три ордена Отечественной войны, орден Красной Звезды, медали «За боевые заслуги», «За оборону Ленинграда», «За победу над Германией» и ряд других.
После войны, продолжая врачебную практику, защитил докторскую диссертацию и получил звание профессора меди­цинских наук. Возглавлял совет ветеранов Краснознаменного Балтийского флота, а после его расформирования вошел в состав нового совета.
Е. С. Иванов — профессор социальной психологии и ак­тивный участник научной и общественной работы на факуль­тете университета.

Бережной А.Ф. Они сражались за Родину: Универсанты в годы войны и в послевоенные годы. Вып. 4. СПб.: Изд-во С.-Петербургского университета, 2003. С. 47.

Информация также взята с сайта "Подвиг народа".

Воспоминания Евгения Сергеевича Иванова