К началу войны ему уже удалось получить высшее образование и поработать ассистентом на физико-математическом факультете Ленинградского университета. Одновременно, пройдя обучение на военной кафедре, он приобрел специальность связиста и получил звание младшего лейтенанта. Поэтому призванный в июле 1941 г. К. В. Таганцев сразу получил под свое командование взвод на Ленинградском фронте. В марте 1942 г. — ранен, семь месяцев пришлось ему лечиться в Московском гарнизонном госпитале. Затем он — в войсках ПВО Куйбышевского района в составе Западного фронта в том же звании и с теми же обязанностями, позже — с июля 1943 по январь 1945 г. — возглавлял взвод на Южном фронте в войсках противовоздушной обороны уже в звании лейтенанта. Закончил войну техником по радио в прежней части Южного фронта.
Возвратился на факультет и выполнял обязанности младшего научного сотрудника, ведущего инженера и старшего научного сотрудника научно-исследовательского института физико-математического факультета, был секретарем семинара кафедры фотоники.
Военные заслуги К. В. Таганцева отмечены медалями «За оборону Ленинграда», «За победу над Германией», а позже орденом Отечественной войны и юбилейными медалями.
Бережной А.Ф. Они сражались за Родину: Универсанты в годы войны и в послевоенные годы. Вып. 4. СПб.: Изд-во С.-Петербургского университета, 2003. С. 115.