Вся его боевая биография (студента приема 1939 г.) связана с Ленинградским фронтом — сначала в составе университетского партизанского отряда, затем, после окончания в 1942 г. стрелково-пулеметных курсов, в качестве командира взвода в стрелковом батальоне. В. Е. Балахонов был тяжело ранен, но после госпиталя возвратился в стрелковую дивизию к командованию взводом, а позже — и ротой. Орденами Отечественной войны I и II степени и несколькими медалями отмечены его боевые заслуги.
В 1946 г. — когда особенно много возвращалось к учебе бывших фронтовиков, он восстановился на своем филологическом факультете. В 1949 г. получил диплом о завершении студенческой учебы, а в 1952 г. — и аспирантской. Французская литература и в первую очередь творчество великого Ромена Роллана стали объектом его изучения. Ему он посвятил кандидатскую и (в 1970 г.) докторскую диссертации, многие статьи и монографию. Под руководством профессора В. Е. Балахонова было написано более 20 кандидатских диссертаций. Несколько лет он читал лекции и вел занятия со студентами Франции в Сорбонне. На своем факультете В. Е. Балахонов выполнял обязанности заместителя, а в 1969—1973 гг. — декана факультета. Пять лет он возглавлял одну из самых крупных и сложных кафедр филологического факультета — кафедру истории зарубежных литератур. Не однажды коммунист В. Е. Балахонов избирался членом партийного бюро. Ранения и трудности войны, однако, вдруг заявили о себе — отказали ноги, и ветеран оказался обреченным на весьма ограниченную подвижность. Но он не сдался — работал дома, принимал участников специального курса, руководил дипломными и курсовыми сочинениями, рецензировал и редактировал статьи, сборники, книги.
Бережной А.Ф. Они сражались за Родину: Универсанты в годы войны и в послевоенные годы. Вып. 2. СПб.: Издательство С.-Петербургского университета, 1995. С. 20.